El gobierno de Santiago Juxtlahuaca lo conforma un ayuntamiento el cual está integrado por: un presidente, un síndico y un cabildo formado por siete regidores. Este es electo por el principio de partidos políticos, vigente en 146 municipios de Oaxaca, a diferencia del sistema de usos y costumbres vigente en los restantes 424, por tanto su elección es como en todos los municipios mexicanos, por elección directa, universal y secreta para un periodo de tres años no renovables para el periodo inmediato pero si de forma no consecutiva.

El periodo constitucional comienza el día 1 de enero del año siguiente a su elección.